Первая местная инфекция, вызванная вариантом Омикрона, подтверждена в Сан-Диего

Должностные лица Агентства здравоохранения и социального обеспечения округа Сан-Диего, работающие в сотрудничестве с учеными Калифорнийского университета в Сан-Диего и Scripps Research, объявили о втором подтвержденном случае – и о первой местной инфекции – варианта Omicron SARS-CoV-2. , вирус, вызывающий COVID-19.

Мужчина из округа Сан-Диего, около 30 лет, не имеет истории путешествий или известных контактов. При обследовании у него были легкие симптомы, которые исчезли, но он остается дома в изоляции. Ему не потребовалась госпитализация. Он был полностью вакцинирован и получил ревакцинацию за две недели до того, как была диагностирована инфекция.

С нашим первым известным случаем, когда сообщество приобрело Omicron, ясно, что этот вариант уже существует и будет распространяться. Это означает, что обычные меры предосторожности, меры и здравый смысл по-прежнему применяются, может быть, даже в большей степени ».

Кристофер Лонгхерст, доктор медицины, главный врач, UC San Diego Health

Объявление поступило примерно через 24 часа после подтверждения первого случая заболевания Omicron жителем округа Сан-Диего, у которого 8 декабря 2021 года был положительный результат и который недавно выезжал за границу. Представители органов здравоохранения заявили, что путешественник прошел вакцинацию и ревакцинацию, не был госпитализирован и в настоящее время находится в изоляции.

Начались усилия по отслеживанию для выявления других лиц, которые могли находиться в тесном контакте с любым инфицированным человеком.

По последним подсчетам, 22 штата сообщили о случаях заболевания Omicron. По данным Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ), вариант Omicron уже был обнаружен как минимум в 57 странах с момента его первого обнаружения в Южной Африке в конце ноября.

Молекулярные представления белков-шипов Delta и Omicron SARS-CoV-2 сверху вниз (верхний ряд) и на мембране. Белок-спайк показан прозрачными белыми лентами, с точечными мутациями, изображенными синими поверхностями, делециями аминокислот – красными поверхностями и вставками аминокислот на белых поверхностях. Фото: Миа Розенфельд, Фиона Кирнс, Лоренцо Казалино, Ромми Амаро / Калифорнийский университет в Сан-Диего

Второй случай был впервые обнаружен в лаборатории ускоренной идентификации Covid Identification Environment (EXCITE) в Калифорнийском университете в Сан-Диего, которая ежедневно проводит тысячи диагностических тестов на образцах человека и окружающей среды, взятых в Калифорнийском университете в Сан-Диего, в местных школах и общинах. Он был секвенирован и подтвержден исследователями Scripps Research, партнерами Альянса по эпидемиологии и исследованиям в области здоровья от COVID (SEARCH) Сан-Диего.

Немногие места в стране и мире лучше оборудованы для обнаружения новых вирусных вариантов, чем Сан-Диего, где исследователи из Медицинской школы Калифорнийского университета в Сан-Диего и Scripps Research, работая с чиновниками здравоохранения округа, системами здравоохранения и другими, сотрудничают для создания вирусного варианта. Система наблюдения.

«Не случайно, что SEARCH Alliance был первым, кто обнаружил Omicron в Сан-Диего. Мы внимательно следили за результатами тестирования на COVID-19 и сточными водами для него с тех пор, как впервые был анонсирован новый вариант», – сказал Роб Найт, доктор философии. , профессор и директор Центра инноваций в области микробиома Калифорнийского университета в Сан-Диего.

«И поскольку у нас уже есть высококвалифицированный персонал, занимающийся тестированием, который отслеживает результаты тестов на наличие контрольной« S-капли », эффективный процесс вирусного секвенирования, встроенный в наш рабочий процесс, а также необходимые разрешения регулирующих органов, позволяющие обмениваться образцами пациентов и данные по нескольким организациям, мы смогли очень быстро идентифицировать и подтвердить этот случай ».

Найт возглавляет альянс SEARCH с Луизой Лоран, доктором медицины, профессором акушерства, гинекологии и репродуктивных наук, заместителем председателя по трансляционным исследованиям и содиректором Центра перинатальных открытий в Медицинской школе Калифорнийского университета в Сан-Диего; Джин Йео, доктор философии, профессор клеточной и молекулярной медицины в Медицинской школе Калифорнийского университета в Сан-Диего; и Кристиан Андерсен, доктор философии, профессор Scripps Research.

«Все работали круглосуточно, чтобы отслеживать этот вариант», – сказал Марк Зеллер, доктор философии, штатный научный сотрудник лаборатории Андерсена, возглавляющий усилия по секвенированию для SEARCH Alliance в Scripps Research. «У нас есть технологии и эффективные процессы, которые позволили нам выявить первый подтвержденный случай Omicron, даже несмотря на то, что его распространенность в настоящее время считается низкой».

Дополнительными ключевыми партнерами в процессе секвенирования вирусов являются Центр геномики Института геномной медицины Калифорнийского университета в Сан-Диего, возглавляемый доктором философии Кристен Джепсен, и Центр вычислительной биологии и биоинформатики Калифорнийского университета в Сан-Диего, возглавляемый доктором философии Кэтлин Фиш.

В Калифорнийском университете в Сан-Диего команды ежедневно проводят тысячи тестов ПЦР на COVID-19 на образцах, собранных у преподавателей, сотрудников и студентов кампуса; сотрудники и ученики местной школы K-12; и даже сточные воды, смытые из кампуса и школьных зданий. Тест qPCR, который они используют, отличается от тестов, используемых во многих лабораториях: он может обнаруживать определенный образец, который может указывать на вариант, например Omicron.

После тестирования команда секвенирует вирусный геном всех положительных образцов, чтобы отслеживать варианты. Положительные образцы с результатами кПЦР, соответствующими интересующим вариантам, сначала передаются на быстрое секвенирование в Scripps Research, а также снова секвенируются для подтверждения обратно в Медицинскую школу Калифорнийского университета в Сан-Диего.

В январе это исследовательское партнерство объявило о первых доказательствах присутствия в Калифорнии варианта B.1.1.7 или Alpha. Первоначально он был обнаружен сотрудниками лаборатории клинических испытаний EXCITE COVID-19 в Калифорнийском университете в Сан-Диего в рамках программы Return to Learn, а затем сразу же секвенирован учеными Scripps Research. Образец был получен от местного жителя в возрасте 30 лет, который недавно не путешествовал, что указывает на то, что этот вариант уже присутствовал в сообществе.

Предпосылки и взгляд в будущее

Вариант Omicron был впервые обнаружен в Ботсване и Южной Африке и вызвал немедленное беспокойство исследователей и органов общественного здравоохранения, поскольку необычно большое количество мутаций шипового белка (30) делает штамм потенциально более трансмиссивным и менее восприимчивым к современным вакцинам.

Официально вариант называется B.1.1.529, но также известен как Омикрон после 15-й буквы греческого алфавита.

ВОЗ назвала Omicron «вариантом, вызывающим беспокойство» и предупредила о повышенном глобальном риске. Случаи заболевания выявлены как минимум в 57 странах, в том числе в некоторых частях Европы.

Это быстрое распространение и многочисленные мутации, присутствующие в его геноме, привели к опасениям, что передача или вирулентность варианта Omicron может отличаться от предыдущих вариантов. Действительно, новые данные свидетельствуют о большей трансмиссивности и инфекционности, но о более мягком исходе болезни.

На данный момент эксперты в области здравоохранения предупреждают, что еще многое предстоит узнать об Омикроне, в том числе о его степени передачи, его способности вызывать серьезные заболевания и о том, может ли он быстрее заразить вакцинированных или ранее инфицированных людей, чем другие варианты.

«Поскольку мы наблюдаем много случаев заражения препаратом Омикрон среди вакцинированных и даже недавно подвергнутых ревакцинации людей, нам необходимо применять многосторонний подход», – сказал Лоран. «Это включает в себя не только вакцинацию и усиление, но также маскировку и социальное дистанцирование, серийное тестирование в ситуациях повышенного риска (например, групповые дома, общежития и школы), быструю изоляцию и тестирование всех, у кого есть симптомы, даже незначительные, такие как головные боли или субфебрильная температура “.

«Если у человека есть легкие симптомы и отрицательный результат теста, а затем его симптомы продолжаются или ухудшаются, ему следует повторить тест».

Дэйви Смит, доктор медицины, вирусолог-транснациональный исследователь и глава отдела инфекционных заболеваний и глобального общественного здравоохранения Медицинской школы Калифорнийского университета в Сан-Диего, сказал, что, несмотря на многочисленные насущные вопросы, общая ситуация с вариантом Омикрона лучше, чем в прошлом с другими появляющимися вариантами. .

«В настоящее время мы находимся в гораздо лучшей форме, чем в прошлом году, но насколько лучше, пока неясно».

Защиты

Органы здравоохранения продолжают подчеркивать, что текущие меры по смягчению последствий вирусной инфекции остаются эффективными, в том числе:

  • Получение бустерной прививки. Центры по контролю за заболеваниями теперь рекомендуют всем в возрасте 18 лет и старше получить ревакцинацию как минимум через шесть месяцев после завершения первичной серии вакцинации против COVID-19 (Pfizer или Moderna) или как минимум через два месяца после однократной вакцинации Johnson & Johnson. Люди могут получить любую вакцину в качестве бустерной, независимо от того, какая вакцина использовалась изначально.
  • Продолжение маскировки в плохо вентилируемых помещениях или в толпе. «Очень важно, чтобы мы говорили о важности ношения хорошо подогнанных масок KN95 для предотвращения передачи, даже для людей, получивших бустеры», – сказал Амаро.
  • Социальное дистанцирование.
  • Регистрация в CA Notify, бесплатном сервисе, который информирует пользователей, если они подверглись воздействию COVID-19.

.

Leave a Comment

This site uses Akismet to reduce spam. Learn how your comment data is processed.