Home » Исследование демонстрирует вариации MPXV внутри хозяина в пределах одного поражения

Исследование демонстрирует вариации MPXV внутри хозяина в пределах одного поражения

В недавнем исследовании, опубликованном в Новые инфекционные заболеванияисследователи сообщили о клинических и молекулярных характеристиках инфекций, вызванных вирусом оспы обезьян (MPX) (MPXV) в Финляндии.

Изучение: Внутрихозяинная вариация генома вируса оспы обезьян у пациента с ранней инфекцией, Финляндия, 2022 г.. Изображение предоставлено: ART-ur/Shutterstock

Задний план

С 2022 года во всем мире наблюдается беспрецедентная вспышка MPXV, при этом MPXV выявляется среди лиц, не путешествовавших в страны, эндемичные по MPXV, особенно среди мужчин, имеющих половые контакты с мужчинами (МСМ). MPXV был представлен в Финляндии в период с мая по июнь 2022 года. Лучшее понимание эволюционных характеристик MPXV и клинических профилей MPX имеет решающее значение для разработки более эффективных вакцин и терапевтических средств против MPXV.

Об исследовании

В настоящем исследовании исследователи описали клинические и генетические профили пациентов с MPX в Финляндии.

Были исследованы четыре пациента с MPX в возрасте от 20 до 40 лет, все из которых недавно путешествовали в Южную Европу, были самопровозглашенными МСМ и сообщали о незащищенных половых контактах в последнее время с неизвестными лицами. Двое из четырех пациентов были серопозитивными в отношении вируса иммунодефицита человека (ВИЧ). Пациент 1 поступил с лихорадкой, паховой лимфаденопатией и синхронными поражениями MPX на половом члене. Образцы были получены из соответствующей области через пять дней после появления симптомов.

Пациент 2 поступил с лихорадкой, головной болью, истощением и паховой лимфаденопатией с асинхронными поражениями на лице, шее, туловище и половом члене. Образцы были собраны с лица и туловища 31 мая, через десять дней после появления симптомов MPX. Пациент 3 поступил с лихорадкой, миалгией, лимфаденопатией, тошнотой и асинхронными поражениями на туловище, руках, анусе и ногах. Образцы были взяты из рук через четыре дня после появления симптомов.

Read more:  Здоровые и вкусные, вот 5 фруктов, снижающих уровень холестерина, которые вы должны попробовать

Полные геномы MPXV были получены от трех пациентов: первый пациент [penile lesion, Cq (quantitative cycle) 20], второй пациент (поражение лица, Cq 26) и четвертый пациент (перианальное поражение, Cq 23). Только фрагмент генома MPXV был получен из поражений рук третьего пациента (Cq 33). Геномы всех образцов были подвергнуты секвенированию.

Был проведен анализ полимеразной цепной реакции (ПЦР) в реальном времени для обнаружения присутствия ортопоксвируса, который был подтвержден как MPXV секвенированием гена гемагглютинина. Далее был проведен филогенетический анализ последовательностей MPXV с использованием филогенетического дерева, полученного методом максимального правдоподобия.

Набор данных был ограничен геномами MPXV с менее чем 5000,0 неоднозначных геномных сайтов. Кроме того, из анализа были исключены регионы со значениями начальной загрузки ниже 70 и сгруппированные без какой-либо обозначенной линии или финского представителя. ПЦР в реальном времени выявила присутствие ортопоксвируса во всех образцах, впоследствии подтвержденного как MPXV с помощью секвенирования гена гемагглютинина.

Результаты

Внутрихозяинные геномные вариации MPXV наблюдались в образце первого пациента, включающем один основной штамм с тремя заменами нуклеотидов (несинонимичные мутации G55133A и C64426T и несинонимичная мутация G190660A), специфичный для B.1.3, и второстепенный штамм, содержащий B. .1 нуклеотидов. Три мутации были основаны на данных NCBI (национального центра биотехнологической информации). Филогенетический анализ показал кластеризацию последовательностей MPXV (от первого пациента) с геномами штамма B.1.3.

Три мутации в последовательности первого пациента включали минорные вариации с частотой 10,0% (G55133A, глубина 2231, 233 гуанозиновых нуклеотида и 1997 адениновых нуклеотидов), частотой 12,0% (C64426T, глубина 2685, 308 цитозиновых нуклеотидов и 2364 тиминовых нуклеотида) и Частота 13,0% (G190660A, глубина 2685, 280 гуаниновых нуклеотидов и 1872 адениновых нуклеотида).

Последовательность MPXV от второго пациента была аналогична последовательности, первоначально идентифицированной в Португалии, а затем в нескольких странах. Последовательность MPXV от четвертого пациента имела четыре замены нуклеотидов, то есть G94798A, C89906T, C188491T и C150831T, из которых последовательности G94798A и C89906T наблюдались в геномах MPXV, обнаруженных в Португалии, Великобритании, Германии и Испании.

Read more:  Есть ли вероятность заболеть раком молочной железы, если он встречается в вашей семье? Это то что тебе нужно знать

Характерная вариация SNV (однонуклеотидная вариация) в геноме первого пациента соответствовала влиянию фермента APOBEC3 (аполипопротеин B, мессенджер, редактирующий рибонуклеиновую кислоту, каталитический полипептид, подобный 3), присутствующего в организме человека, который, как указано, является драйвером цитозин-тиминовой >тимин-тиминовые и гуанозин-адениновые> аденин-адениновые превращения в MPXV.

Фиксированные незначительные SNV в поражениях также наблюдались у пяти португальских образцов, которые подверглись секвенированию в мае 2022 года и были зарегистрированы в общедоступном наборе данных, что указывает на то, что паттерн SNV может быть обычным эволюционным компонентом MPXV. Однако, в отличие от предыдущих наблюдений, основные генотипы SNV и второстепенные генотипы однонуклеотидных вариаций у первого пациента, как сообщается, были зафиксированы в предыдущих записях последовательностей генома MPXV.

Заключение

В заключение, на основании результатов исследования, эпидемиология оспы обезьян может указывать на продолжающуюся коинфекцию или эволюцию, опосредованную APOBEC3.

Leave a Comment

This site uses Akismet to reduce spam. Learn how your comment data is processed.