Новое исследование показывает, что секвенирование всего генома дает обширное представление о лимфоме Ходжкина.

Крупный исследовательский проект, возглавляемый учеными из Комплексного онкологического центра Сильвестра в Медицинской школе Миллера Университета Майами, Мемориального онкологического центра имени Слоана-Кеттеринга и Медицинского колледжа Вейла Корнелла, показал, что секвенирование всего генома (WGS) может предоставить гораздо больше информации о классическая лимфома Ходжкина (cHL), чем секвенирование экзома, при котором считываются только гены, кодирующие белок.

Команда показала, что WGS может легче обнаруживать структурные изменения ДНК, такие как дупликации генов, и предоставляет более точные данные для отслеживания мутаций, связанных с прогрессированием заболевания. Исследование было опубликовано в журнале Открытие рака крови.

«Мы обнаружили, что, используя секвенирование всего генома, мы можем прочитать практически все мутации как в кодирующих, так и в некодирующих областях генома, а также структурные вариации и вариации числа копий», — сказал Крейг Московиц, доктор медицинских наук, главный врач. Служба онкологической службы Сильвестра, профессора медицины в Школе Миллера и соавтора исследования. «Мы обнаружили много геномных событий, которые никогда раньше не регистрировались. Это лучшая из найденных нами технологий для выявления новых факторов, вызывающих рак».

Хотя секвенирование экзома было чрезвычайно плодотворным, выявляя точечные мутации и другие варианты, которые вызывают рак, оно рисует неполную картину. Мутации в некодирующих областях генома также могут управлять экспрессией генов. Кроме того, WGS идентифицирует широкий спектр структурных вариаций, включая хромотрипсис, при котором поврежденные хромосомы выглядят так, как будто по ним ударили кувалдой.

Мутационные сигнатуры и хронология опухолей

Исследование выявило многие из этих проблем при cHL, а также обнаружило мутационные сигнатуры, связанные с химиотерапией. Возможно, наиболее важно то, что WGS предоставила временную информацию о том, как развивался рак. Реконструкция хронологии опухоли может сыграть важную роль в выборе лечения.

«Важно знать, как опухоль развивалась с течением времени», — сказал Франческо Маура, доктор медицинских наук, соруководитель лаборатории геномики миеломы в Сильвестре, доцент медицины и первый автор исследования. «Нам нужно знать, какие мутации были приобретены и в каком порядке. Если мы назначаем таргетную терапию, мы хотим, чтобы она была нацелена на геномные изменения, которые являются общими для всей опухоли, а не на субклоны, которые появились позже и относительно редки».

Поскольку клетки cHL (называемые клетками Ходжкина и Рида-Штернберга) редки и сложны для изучения, команде пришлось изобрести сложную систему сортировки, которая могла бы изолировать достаточное их количество. Позже эти клетки были расширены, чтобы эффективно секвенировать их. Этот подход в сочетании с WGS может дать много новых сведений о cHL и других видах рака.

Хотя это исследование проливает новый свет на cHL, это только первый шаг в долгом процессе. Это экспериментальное исследование послужит ранним шаблоном для проведения более глубоких геномных исследований крови и других видов рака.

«Раки — невероятно сложные заболевания, и нам еще предстоит пройти долгий путь, прежде чем мы полностью поймем их», — сказал К. Ола Ландгрен, доктор медицинских наук, директор Научно-исследовательского института миеломы, соруководитель исследовательской программы трансляционной и клинической онкологии. соавтор исследования. «Используя WGS, мы можем лучше оценивать эволюцию опухоли, выявлять структурные проблемы и, надеюсь, получать новые терапевтические идеи».