Бесклеточная жидкостная биопсия рака яичников дает точность на 91%

Недавний анализ использования экспериментальной жидкой биопсии бесклеточной ДНК (вкДНК) показал, что точность этого теста при выявлении эпителиального рака яичников на ранней стадии (ЭРЯ) составляет 91%, что является более высоким показателем, чем у других доступных в настоящее время тестов.

Исследование, опубликованное в Клинические исследования ракапоказали, что новый метод тестирования может помочь преодолеть проблемы с диагностикой серозного рака яичников высокой степени злокачественности (HGSOC), который обычно диагностируется на поздних стадиях и является наиболее летальным подтипом EOC. HGSOC имеет 5-летнюю выживаемость 40% или менее при диагностике на поздней стадии.

В настоящее время наиболее надежным способом диагностики ЭРЯ у женщин с известным образованием в области таза является хирургическое вмешательство с последующей патологоанатомической оценкой, а эффективных инструментов скрининга для бессимптомных женщин не существует. Жидкая биопсия с использованием вкДНК может выступать в качестве неинвазивной динамической оценки состояния заболевания у пациентов с раком с метилированием вкДНК и служить многообещающей стратегией раннего выявления.

Исследователи выполнили бисульфитное секвенирование с уменьшенным представлением (RRBS), чтобы идентифицировать дифференциально метилированные области (DMR) между пациентками с HGSOC и участниками с нормальной тканью яичников и фаллопиевых труб. После этого для 1677 DMR был выполнен захват гибридизационного зонда и создан тест жидкой биопсии вкДНК, известный как OvaPrint, на независимом наборе образцов вкДНК, чтобы различать HGSOC и доброкачественные образования. Всего проанализировано 372 образца (ткани, n = 59, плазмы, n = 313).

Для разработки OvaPrint RRBS проводили на быстрозамороженной ткани из 35 образцов HGSOC (стадия 1, n = 25; стадия 3, n = 8; стадия 4, n = 2), а также 15 образцов нормальной ткани фаллопиевых труб и 9 нормальных тканей. образцы яичников. Из 1677 идентифицированных статистически значимых DMR медиана составляла 242 п.н. (IQR, 152–411), а среднее число группировок цитозин-фосфат-гуанин (CpG) на область ДНК составляло 11 (IQR, 7–18). DMR четко отделяли HGSOC от нормальных образцов фаллопиевых труб и яичников на основе единой аппроксимации многообразия и проекционного графика, а также с иерархической кластеризацией.

Интересно, что иерархическая кластеризация также выявила 2 отдельных кластера HGSOC, один из которых больше напоминал паттерны метилирования нормальной ткани по сравнению с другим кластером.

Обобщенность теста оценивалась с использованием набора данных внешнего массива EPIC, состоящего из 99 HGSOC и 12 нормальных маточных тканей. Значения метилирования β между HGSOC и нормальной тканью сравнивали для 772 (гиперметилированных, n = 383; гипометилированных, n = 389) из 1677 DMR, которые перекрывались по крайней мере с одним CpG-зондом массива EPIC.

Исследователи разработали таргетный анализ и использовали его для определения профиля метилирования вкДНК в плазме в 182 образцах доброкачественных опухолей яичников и 82 образцах HGSOC на различных стадиях рака. Четырнадцать образцов HGSOC содержали соответствующую ткань, ранее секвенированную с помощью RRBS, а остальные образцы составляли независимый набор образцов.

После секвенирования средние значения β были введены в модель машинного обучения, чтобы оценить, может ли OvaPrint различать людей с HGSOC и людей с доброкачественными образованиями яичников. Оценка риска пришла к выводу, что OvaPrint обладает превосходной способностью различать HGSOC и доброкачественные образцы с расчетной площадью под кривой рабочей характеристики приемника 0,936, что указывает на высокую чувствительность и специфичность.

Только небольшая подгруппа образцов HGSOC (n = 12) постоянно ошибочно классифицировалась с низкими показателями OvaPrint (<35) при множественных повторах перекрестной проверки.

При обобщении OvaPrint, чтобы увидеть, может ли он идентифицировать опухоли низкой степени злокачественности, пограничные опухоли и другие гистологические подтипы, тест смог идентифицировать гистотипы, не относящиеся к HGSOC, и пограничные опухоли; однако чувствительность в этих подтипах была ниже. Для полного изучения возможности скрининга OvaPrint на подтипы HGSOC необходимы дополнительные исследования.

Исследователи пришли к выводу: «Акцент на HGSOC подчеркнул важность не группировать все EOC в одну категорию для разработки биомаркеров, стратегия, которая, вероятно, препятствовала предыдущим усилиям… Разработка OvaPrint, который представляет собой точный, неинвазивный предоперационный тест на рак яичников, может улучшить диагностику и лечение рака почти у 20 000 женщин, диагностируемых ежегодно».

Ссылка

Бакли Д.Н., Левингер Дж.П., Гуден Г. и др. OvaPrint™ – бесклеточная жидкая биопсия метилированной ДНК для оценки риска серозного рака яичников высокой степени злокачественности. Клин Рак Рес. Опубликовано в Интернете 9 октября 2023 г. doi:10.1158/1078-0432.CCR-23-1197.