Клейкой лентой можно исправить что угодно — даже эксперименты по секвенированию ДНК

Исследователи, использующие устройства для секвенирования ДНК на основе нанопор, ломают головы из-за недавнего заявления компании Oxford Nanopore Technologies (ONT) о том, что ее проточные ячейки лучше работают в темноте.

Устройства секвенируют нуклеиновые кислоты, обнаруживая изменения тока, когда нити ДНК или РНК проходят через поры белков, которые ранее не считались светочувствительными. Тем не менее, компания говорит в сообщении сообщества пользователей что экранирование проточной кюветы от света может привести к увеличению выходных данных, которое варьируется в зависимости от длины секвенируемой ДНК и версии используемой технологии. ONT сообщает об увеличении выходной последовательности от 11% для длинных молекул, считываемых проточной ячейкой старого поколения, до ошеломляющих 469% для коротких молекул, считываемых новой порой.

Пока неясно, как свет влияет на систему. ONT не ответила на запрос об интервью, но в сообщении для сообщества пользователей ученый компании пишет: «Наши научно-исследовательские группы изучают биохимическое взаимодействие между светом и проточной ячейкой».

Пользователи говорят, что когда ONT вводит новый белок пор, он также обновляет и оптимизирует реагенты. По мнению Лары Урбан, генетика из Мюнхенского университета им. Гельмгольца, возможно, сочетание факторов, включая новую версию белка и химию секвенирования, а также растущий интерес к использованию технологии для получения более коротких нитей ДНК, привлекло внимание к тонкий эффект, который был там все время.

После того, как объявление было доведено до сведения сообщества пользователей ONT, компания заявила, что будет производить и отправлять клиентам световые щиты. Многие пользователи уже сообщили о более высоких результатах секвенирования с помощью самодельных исправлений. Мриналини Ватса, биолог из Альянса дикой природы зоопарка Сан-Диего, — одна из них. Ее особенно воодушевляют разработки для ученых, работающих с ограниченными ресурсами. В полевых лабораториях, говорит она, «изолента — это то, ради чего вы живете».