Контракт CDC на 2,5 миллиона долларов на финансирование одной из крупнейших программ наблюдения за SARS-CoV-2 в США.

Группа ученых под руководством Scripps Research получила контракт от Центров по контролю и профилактике заболеваний США (CDC) на поддержку одной из крупнейших программ наблюдения за SARS-CoV-2 в Соединенных Штатах.

Двухлетний контракт на сумму 2,5 миллиона долларов будет финансировать крупномасштабное секвенирование изолятов SARS-CoV-2 в режиме, близком к реальному времени, в больницах и местных учреждениях здравоохранения в Сан-Диего и близлежащем северо-западе Мексики, а также разработку программного обеспечения для отслеживания эволюция и географическое распространение вариантов SARS-CoV-2.

Контракт, являющийся продолжением контракта, первоначально заключенного в 2020 году, будет выполняться Альянсом Сан-Диего по эпидемиологии и исследованиям в области здравоохранения COVID (SEARCH), соучредителем которого является Scripps Research, Калифорнийский университет в Сан-Диего (UC San Diego). ) и Детская больница Рэди в Сан-Диего.

Поддержка CDC программы геномного наблюдения SEARCH уже привела к значительным достижениям в области общественного здравоохранения COVID-19, а также к новым научным исследованиям SARS-CoV-2, и мы ожидаем гораздо большего прогресса в обеих областях в результате этой новой награды».

Кристиан Андерсен, доктор философии, главный исследователь, профессор кафедры иммунологии и микробиологии Scripps Research

С начала пандемии SEARCH проводит геномный надзор за SARS-CoV-2 с использованием клинических образцов, собранных в больницах Сан-Диего и из источников за границей в Нижней Калифорнии. SEARCH также разработал ключевые протоколы и инструменты анализа для отслеживания появления и распространения вариантов SARS-CoV-2 в сточных водах. Более того, исследователи SEARCH активно участвуют в изучении появления SARS-CoV-2, и в нескольких громких публикациях были обнаружены доказательства первоначального распространения от животных, проданных на рынке Хуанань в Ухане, Китай.

Усилия SEARCH включают в себя многочисленные виды сотрудничества, в том числе с CDC, Агентством здравоохранения и социальных служб округа Сан-Диего, Департаментом здравоохранения Калифорнии, Sharp Health, Scripps Health, компанией Helix, занимающейся вирусным надзором, и сетью здравоохранения Salud Digna в Мексике. С начала пандемии в результате этих усилий были опубликованы и проанализированы более 70 000 последовательностей SARS-CoV-2.

В соответствии с новым контрактом SEARCH ускорит рабочий процесс секвенирования вирусов, чтобы получать более своевременную и полезную информацию о локальном распространении и развитии вируса, включая появление новых вариантов и подвариантов, вызывающих озабоченность.

«Текущий процесс отбора проб, секвенирования и анализа партии образцов вируса из местных больниц и очистных сооружений может занять несколько недель», — говорит Марк Целлер, доктор философии, научный сотрудник лаборатории Андерсена. «Мы стремимся сократить это до нескольких дней, что позволило бы нам отслеживать цепочки передачи в локальных вспышках практически в режиме реального времени».

Работая с лабораториями общественного здравоохранения округа Сан-Диего, штата Калифорния и Мексики, исследователи также продолжат анализировать передачу SARS-CoV-2 через оживленную границу Калифорнии и Бахи. Кроме того, они расширят свои усилия по наблюдению за геномом на дополнительные мексиканские пограничные штаты и популярные туристические направления, включая Пуэрто-Валларту. Команда будет продолжать публиковать свои анализы на онлайн-панелях SEARCH.

Проект включает в себя дальнейшую разработку программных инструментов с открытым исходным кодом для поддержки отслеживания локальной эволюции и передачи SARS-CoV-2.

«Инструменты, которые мы разработали в последние годы, уже широко используются сообществом общественного здравоохранения для секвенирования и анализа SARS-CoV-2», — говорит Джошуа Леви, доктор философии, научный сотрудник лаборатории Андерсена. «В соответствии с этим новым контрактом мы будем разрабатывать технологию, которая навсегда изменит то, как геномный надзор будет использоваться для усиления наших ответных мер в области общественного здравоохранения».

Эти программные инструменты с открытым исходным кодом доступны по адресу https://andersen-lab.com/secrets/code/. Панели мониторинга SARS-CoV-2 SEARCH Alliance находятся на https://searchcovid.info/Информационные панели/.