Метагеномное редактирование интегрирует большие последовательности ДНК в кишечные бактерии in vivo.

Не существует метода точного редактирования конкретных видов микробов в их естественной кишечной среде. Запись в НаукаГелсингер и др. представить «Метагеномное редактирование» (MetaEdit), платформу для доставки оптимизированных CRISPR-ассоциированных транспозаз (CAST) для достижения стабильной интеграции больших объемов полезной нагрузки ДНК в целевой геном бактерий в среде кишечника мыши.

Чтобы обеспечить видоспецифичное редактирование, авторы создают плазмиду MetaEdit (pME), которая кодирует созданные с помощью вычислений высокоспецифичные направляющие РНК (называемые мегРНК), ферменты CAST и последовательность ДНК для вставки. В отличие от существующих методов (в которых доставка ДНК требует, чтобы фаговые векторы связывались и проникали в бактерии), pME доставляется в бактерии кишечника реципиента посредством конъюгации. Авторы добились точной видоспецифичной генной инженерии (>99% достижения цели) на нативной мыши. Бактероиды тетайотаомикрон (БТ). Кроме того, MetaEdit позволяет успешно генетическую модификацию трудно культивируемых сегментированных нитчатых бактерий в кишечнике мыши. Далее они используют MetaEdit для оснащения БТ с последовательностью ДНК размером 7,5 т.п.н., отвечающей за метаболизм инулина, что позволяет осуществлять точный инулин-зависимый контроль количества и функциональной персистенции модифицированных БТ живой.