Во время пандемии мы все познакомились со многими эпидемиологическими понятиями.
В начале 2020 года нам представили «базовое репродуктивное число» или R0. Это говорит нам о присущей вирусу заразности или присущей ему способности передаваться от одного человека к другому в определенной популяции.
Мы также узнали об «эффективном репродуктивном числе» или Reff. Это говорит нам о скорости, с которой вирус фактически распространяется среди этой популяции.
С появлением BA.4/5 возникла некоторая путаница в отношении того, как эти концепции помогают нам понять, почему один вариант распространяется быстрее, чем другой.
Просто потому, что вариант распространяется быстрее, это не обязательно означает, что у него более высокий R0.
Что на самом деле говорит нам R0?
R0 говорит нам о количестве вторичных случаев, возникающих в результате одного случая в полностью восприимчивой популяции. Он описывает потенциальную способность патогена (например, вируса) к распространению и является специфичным для патогена.
Патогены с более высокими значениями R0 могут вызывать более крупные эпидемии. Для предковых штаммов SARS-CoV-2 (вируса, вызывающего COVID) R0 был оценивается примерно в 3.
R0 также зависит от популяции. Это зависит от поведения населения на «исходном уровне», до пандемии. Например, густонаселенный город с большим количеством закрытых помещений, в которых люди смешиваются, вероятно, будет иметь более высокий R0 для одного и того же патогена, чем регион с редким населением и меньшим смешением между группами.
Читать далее:
R0: Как ученые определяют интенсивность вспышки, такой как коронавирус, и предсказывают распространение пандемии
А как же реф?
Reff — это среднее число новых инфекций, вызванных инфицированным человеком, при наличии мер общественного здравоохранения, изменения поведения и популяционного иммунитета (от предыдущего заражения и вакцинации).
Таким образом, Reff будет меняться со временем.
Это ключевой индикатор того, растет ли эпидемия или сокращается. Когда Reff выше 1, эпидемия нарастает. Если меры контроля, популяционный иммунитет или другие факторы могут снизить Reff ниже 1, эпидемия идет на убыль.
На протяжении всей пандемии Reff регулярно оценивался для Австралии и сообщил лицам, принимающим решения.
Как новые варианты превосходят существующие?
Пандемию COVID можно разделить на несколько отдельных эпох, каждая из которых определяется появлением нового варианта:
- Альфа в конце 2020 года
- Дельта в середине 2021 г.
- Омикрон BA.1 в конце 2021 г.
- Омикрон BA.2 в начале 2022 г.
- а теперь Омикрон BA.4 и BA.5.
Каждый из этих вариантов смог превзойти и заменить предыдущий.
Если мы наблюдаем, что гипотетический «вариант А» распространяется в популяции быстрее, чем «вариант Б», мы говорим, что вариант А имеет «преимущество роста» по сравнению с вариантом Б.
Это преимущество роста, если оно сохранится, означает, что вариант А заменит вариант В в качестве нового доминирующего варианта, распространяющегося в популяции.
Вариант может иметь преимущество в росте и на самом деле не быть более передаваемым. На самом деле R0 варианта А может быть выше, ниже или таким же, как у варианта В.
Это связано с тем, что преимущество роста варианта A по сравнению с вариантом B может быть обусловлено любой комбинацией:
- более короткое время генерации
- повышенная внутренняя трансмиссивность (R0)
- повышенный уровень «уклонения от иммунитета».
Каждый из этих факторов по-разному влияет на будущую траекторию эпидемии и последствия для эффективности мер контроля.
Более короткое время генерации
Более короткое время генерации означает в среднем более короткое время между заражением человека и последующим заражением другого человека. Среднее число новых случаев заражения от каждого инфицированного человека одинаково для обоих вариантов, но эти инфекции происходят быстрее для варианта А. Это приведет к более быстрому росту случаев варианта А, даже если R0 одинаков.
Внутренняя трансмиссивность
Повышенная внутренняя трансмиссивность относится к ситуации, когда R0 варианта A выше, чем у варианта B. Это может быть вызвано множественными различными биологическими изменениями вируса, такими как изменения, которые повышают заразность инфицированного человека.
Иммунное уклонение
Иммунное уклонение относится к тому, насколько легко вариант заражает людей, которые ранее были инфицированы или вакцинированы.
Варианты с очень высоким уровнем уклонения от иммунного ответа могут быстро распространяться в популяциях с высоким иммунитетом, потому что в популяции просто больше людей, которые могут быть инфицированы. Но это не означает, что они по своей природе более заразны.
На самом деле, они могут даже иметь пониженный R0 и при этом иметь преимущество в росте.
Последствия для Реффа
Все три из этих механизмов могут привести к преимуществу в росте, но имеют разные последствия для Reff варианта A по сравнению с вариантом B.
Увеличение внутренней трансмиссивности или иммунного ускользания приведет к увеличению Reff для варианта A по сравнению с вариантом B. Однако более короткое время генерации может привести к преимуществу роста, не влияя на Reff. Если вариант А имеет только более короткое время генерации, он будет распространяться в популяции быстрее, чем вариант В.
Как это отразилось на пандемии COVID?
В ходе пандемии COVID появилось несколько вариантов со значительным преимуществом роста по сравнению с предыдущими вариантами: Alpha, затем Delta, Omicron BA.1 и BA.2, а совсем недавно — Omicron BA.4 и BA.5.
Причины преимущества роста по сравнению с предыдущими вариантами были обусловлены разными факторами.
Диж Феделе/AAP
Было подсчитано, что преимущество Альфа в росте по сравнению с предковыми штаммами связано с более высокой внутренней трансмиссивностью. Ученые оцененный базовое число репродукции (R0) альфа было на 43–90% выше, чем у предковых штаммов.
Когда в конце 2021 года Омикрон BA.1 быстро появился среди населения с высоким иммунитетом (включая Австралию, где большинство юрисдикции достигли более 85% охвата второй дозой вакцины в подходящих группах), ученые сразу же заподозрили иммунное уклонение играло роль.
Анализ новых данных количественно оценили относительный вклад уклонения от иммунитета и внутренней трансмиссивности, которые могли бы объяснить быстрое распространение.
Совсем недавно мы стали свидетелями быстрого роста продаж Omicron BA.4 и BA.5 по всему миру. развивающийся доказательство предлагает уклонение от иммунитета еще раз, вероятно, является важным фактором, способствующим преимущество передачи BA.4 и BA.5 по сравнению с предыдущими вариантами Omicron.
Это означает, что мы ожидаем быстрого распространения BA.4 и BA.5 в Австралии, несмотря на очень высокий уровень охвата вакцинацией и большое количество случаев заражения в прошлом.
Однако R0 может не иметь измененный. Даже при той же внутренней трансмиссивности, просто когда большая часть населения снова становится восприимчивой, это означает, что тот же R0 в конечном итоге приведет к большему количеству инфекций.
Не простой расчет
На протяжении всей пандемии эпидемиологам-инфекционистам приходилось тщательно оценивать имеющиеся данные, чтобы понять, почему новый вариант имеет преимущество роста.
Другие, в том числе некоторые ученые в разговорек сожалению, просто предположили, что преимущество роста связано с повышенной внутренней трансмиссивностью.
Они сделали это, умножив R0 существующего варианта на то, насколько быстрее, по оценкам, распространяется новый вариант. Повторное применение этого подхода привело к завышению оценки R0 для BA.4/5, похоже на корь.
Пока такой подход был нормально для альфыпоскольку исследования домашних хозяйств показали, что этот вариант более эффективно распространяется в ранее не подвергавшихся воздействию популяциях, он не был уместным после появления Омикрона.
Ни одно из этих соображений не является уникальным для COVID. Например, новые варианты гриппа чаще всего возникают из-за иммунный побегобеспечивая преимущество роста и замену ранее циркулирующего штамма.
Читать далее:
Австралия движется к своей третьей волне Омикрон. Вот чего ожидать от BA.4 и BA.5
Так что же такое R0 BA.4/5?
С появлением каждого нового варианта задача усложнялась, поскольку история заражения населения (заражались ли вы раньше, когда и сколько раз) усложняет интерпретацию данных.
Поэтому сейчас очень сложно оценить R0 для BA.4/5.
Это, безусловно, выше, чем для Альфы и Дельты, при масса доказательств что указывает на значение, по крайней мере, вдвое больше, чем у предкового варианта (3). Получается около 6.
И, вероятно, он еще выше, потому что Omicron BA.1 превзошел конкурентов Delta благодаря как увеличение внутренней трансмиссивности и иммунного ускользания.
Мы еще не до конца понимаем, почему BA.2 заменил BA.1 с обоими внутренняя трансмиссивность и иммунное ускользание, потенциально способствующие. Но мы знаем, что уклонения от иммунитета достаточно, чтобы объяснить наблюдаемое преимущество роста BA.4/5 над BA.2.
Таким образом, наша текущая наилучшая оценка для R0 для BA.4/5 заключается в том, что он, вероятно, аналогичен значению для BA.2, но фактическое значение остается неопределенным. Вероятно, в пределах 6-10.
Читать далее:
Почему мы скорректировали наши оценки репродуктивного числа двух подвариантов COVID
