Ученый пересматривает данные о енотовидных собаках и Ковиде, подчеркивая неизвестность

Новое исследование генетических данных с рынка в Ухане, Китай, показало, что данные не подтверждают версию о том, что пандемия началась с незаконно проданных животных, что вызвало новые споры об образцах, которые другие ученые считают важными частями головоломки о том, как коронавирус добрался до людей.

новое исследованиекоторая исследовала относительное количество животного и вирусного материала в мазках, взятых с поверхностей на рынке в начале 2020 года, заявила, что трудно сделать выводы о том, были ли данные образцы вируса получены от инфицированных живых животных или просто от случайного заражения.

Но несколько сторонних экспертов заявили, что на анализ, опубликованный в Интернете на этой неделе автором исследования, Джесси Блумом, вирусологом из Онкологического центра Фреда Хатчинсона, мог повлиять ряд неизвестных переменных и решений о том, как фильтровать данные.

По этим причинам, по их словам, результаты не сильно повлияли на их впечатление от предыдущих исследований. По их словам, образцы с рынка, содержащие генетический материал животных и вирусов, согласуются с возможностью того, что какое-то животное — возможно, енотовидная собака — передало вирус людям, но не доказали, что это произошло.

«Я думаю, что есть довольно разумный шанс, что они подобрали зараженную енотовидную собаку, но это не доказывает, что это было ее происхождение», — сказал Фредерик Бушман, микробиолог из Университета Пенсильвании, который специализируется на анализе образцов, подобных тем, которые были взяты из Уханя. рынок, но который не участвовал ни в одном из маркетинговых исследований. «Я не думаю, что статья Блума так сильно изменит мое мышление».

Китайские исследователи писал о рыночных данных в прошлом году, а затем сделал генетические последовательности доступными в этом году, что позволило группе международных ученых изучить их. Эта команда написал в отчете в прошлом месяце, что, основываясь на данных, они не смогли окончательно идентифицировать животное, которое передало вирус людям.

Но они сказали, что данные подтвердили, что в конце 2019 года на рынке продавались животные, которые, как считается, восприимчивы к вирусу, такие как енотовидные собаки и пальмовые циветты в масках, мелкие азиатские млекопитающие, причастные к вспышке атипичной пневмонии два десятилетия назад. самые ранние пациенты с Covid-19 также работали или делали покупки на рынке.

Поскольку рынок был одним из четырех мест в Ухане, где, как сообщается, продавались живые животные, которые могли вероятно распространять вирус, ученые заявили, что маловероятно, что так много первых пациентов были связаны с рынком чисто случайно. Они сказали, что генетические данные также основаны на других доказательствах, в том числе на том, что на рынке присутствовали две ранние линии вируса.

В исследовании на этой неделе был применен другой подход к анализу последовательностей генов.

Доктор Блум исследовал, коррелирует ли количество генетического материала вируса с количеством генетического материала восприимчивых видов животных в образцах. Он сказал в интервью, что если бы один вид на рынке нес основную ответственность за распространение вируса, он ожидал бы увидеть четкую связь между количеством генетического материала от вируса и количеством от этого вида.

Но исследование не обнаружило четких корреляций такого рода. Вместо этого самые сильные корреляции связаны с различной рыбой, продаваемой на рынке, которая не могла быть заражена, что указывает на то, что инфицированные люди, вероятно, откладывали вирусный материал там, где была рыба.

Доктор Блум сказал, что это открытие свидетельствует о том, что вирус, также известный как SARS-CoV-2, был широко распространен на рынке к моменту сбора мазков в начале 2020 года.

«Точно так же мы не должны слишком придавать значения тому факту, что есть куча SARS-CoV-2, смешанной с образцами большеротого окуня и сома, мы также не должны слишком придавать значения тому факту, что есть образец енотовидной собаки. с показаниями SARS-CoV-2», — сказал доктор Блум.

Но сторонние эксперты заявили, что различные особенности образцов могут свести на нет усилия по сопоставлению животного и вирусного материала. Международные ученые заявили в своем отчете, что они рассматривали возможность проведения аналогичного анализа, но это могло привести к вводящим в заблуждение результатам. Доктор Блум признал, что «это открытый вопрос, является ли это вообще информативным расчетом».

Генетический материал вируса быстро разлагается, сказал Кристофер Мейсон, специалист по отбору проб окружающей среды в Weill Cornell Medicine. Важно отметить, что вирусный материал может разлагаться с другой скоростью, чем материал от животных, что затрудняет их сравнение в образцах, собранных в течение нескольких недель после закрытия рынка.

Возможно, рыба была наиболее тесно связана с вирусом просто потому, что рыба, вероятно, была заморожена или охлаждена, что замедлило распад вирусного материала в этих образцах, сказал Том Венселирс, биолог-эволюционист из KU Leuven в Бельгии.

Последний анализ «подтверждает, что рассмотрение такого рода корреляций почти ничего не говорит вам о том, какие виды-хозяева могли быть вероятным источником пандемии», — сказал доктор Венселирс. По его словам, это оставляет ученых в той же ситуации, что и раньше, с рыночными данными, которые не предлагают убедительных доказательств какого-либо конкретного сценария происхождения.

Новое исследование также внимательно изучило мазок из тележки на рынке, в котором международная команда обнаружила следы вируса наряду с генетическими сигнатурами енотовидных собак, но не обнаружила генетического материала от людей.

Доктор Блум написал, что в мазке было лишь незначительное количество вирусного материала, и что неясно, почему китайские исследователи классифицировали мазок как Covid-положительный. Его исследование показало, что мазок был единственным, в котором было значительное количество генетического материала енотовидной собаки с любыми следами вируса.

Некоторые ученые, тем не менее, заявили, что анализ доктора Блума рискует отклонить другие мазки с положительным результатом на Covid, установив слишком высокую планку для количества генетического материала животных в образце.

Д-р Бушман из Университета Пенсильвании сказал, что порог, использованный в анализе, был «агрессивным» и что лучше всего сравнивать результаты, полученные из ряда различных порогов.

Используя более чувствительный порог, международная группа ученых идентифицировала несколько Covid-положительных образцов, содержащих генетический материал енотовидной собаки, а также другие образцы с генетическими сигнатурами различных животных, которые, как считается, восприимчивы к вирусу.

Александр Криц-Кристоф, вычислительный биолог, ранее работавший в Университете Джона Хопкинса, который помогал проводить анализ международной группы, сказал, что команда также внимательно изучила, были ли правы китайские исследователи, описывая мазок из тележки как положительный на вирус.

Он отметил, что ряд других мазков из того же киоска были явно положительными на вирус. Он сказал, что результаты отбора проб в других местах на рынке также показали, что, в отличие от мазка из тележки, большинство действительно отрицательных мазков вообще не содержали следов вируса.

«Это проба вируса из окружающей среды, которая представляет собой крошечную иголку в стоге сена», — сказал доктор Криц-Кристоф.