Новое исследование сравнивает и оценивает восемь опять таки программные средства сборки генома на реальных данных секвенирования вирусов следующего поколения. Исследование, включающее данные о последовательности всего генома SARS-CoV-2, вируса, вызывающего COVID-19, опубликовано в рецензируемом журнале. OMICS: журнал интегративной биологии.
Сборка генома является одним из важнейших шагов в анализе данных секвенирования всего генома и понимании вирусной геномики. Было разработано множество различных программных инструментов для сборки генома. В настоящем исследовании соавторы Амит Кумар Гупта и Манодж Кумар из Института микробных технологий, Совета научных и промышленных исследований и Академии научных и инновационных исследований в Индии провели сравнительную оценку и сравнительный анализ восьми ассемблеров на вирусы. данные секвенирования следующего поколения.
Исследователи пришли к выводу, что «в целом три сборщика, то есть SPAdes, IDBA и ABySS, показали стабильно хорошие результаты, в том числе для сборки генома SARS-CoV-2». Они также предполагают, что использование двух или более подходов к сборке следует рассматривать в исследованиях секвенирования вирусов следующего поколения, особенно в клинических условиях.
Сборка генома имеет жизненно важное значение для молекулярной эпидемиологии и клинического лечения COVID-19 и других инфекционных вспышек. Сравнительная оценка инструментов сборки генома отсутствовала на данных о вирусном происхождении. Новое исследование заполняет этот пробел в знаниях, основываясь на данных секвенирования SARS-CoV-2, вируса денге 3, вируса иммунодефицита человека 1, вируса гепатита В, вируса Западного Нила и других. Этот бенчмаркинг является прекрасным примером применения генома в планетарном здоровье и открывает новые возможности для ускорения инноваций в клинической диагностике, разработке лекарств и вакцин. Я приветствую новые рукописи, посвященные крупномасштабным исследованиям в области биологии и многокомпонентной экологии, для рецензирования в журнале..“
Вурал Оздемир, MD, PhD, DABCP, главный редактор ОМИКС
Источник:
Ссылка на журнал:
Гупта, А.К. и Кумар, М., (2022) Сравнительный анализ и оценка восьми сборщиков генома De Novo на данных секвенирования вирусов следующего поколения, включая SARS-CoV-2. OMICS: журнал интегративной биологии. doi.org/10.1089/omi.2022.0042.
