Подробный взгляд на архитектуру хроматина

Организация и архитектура хроматина играют решающую роль в регуляции транскрипции, управляя экспрессией генов посредством взаимодействия цис-регуляторные элементы. Картирование этих контактов на уровне отдельных мотивов, связывающих транскрипционные факторы, остается сложной задачей. Ли и др. разработали мелкомасштабный метод, который позволяет с помощью разрешения пар оснований идентифицировать новые принципы цис-регуляторно-опосредованное взаимодействие.

Авторы разрешают контакты между отдельными мотивами транскрипционных факторов внутри цис-регуляторные элементы. Чтобы повысить разрешение ранее разработанного метода Micro Capture-C (MCC), они включили в свой анализ контактную информацию ближнего действия и разработали MCC ultra (MCCu). Они оптимизировали конструкцию захватывающих олигонуклеотидов и биоинформационные конвейеры для точной идентификации мелкомасштабных лигирующих соединений. Подход тайлинга, который увеличивает количество захватывающих олигонуклеотидов на каждую точку обзора, делает MCCu гибридным методом между подходами 4C (одна точка зрения) и Hi-C (полный геном).