Полногеномное секвенирование может помочь большему количеству пациентов с раком молочной железы получить адаптированные методы лечения и исследования.

Полногеномное секвенирование, предлагаемое пациентам с раком молочной железы, вероятно, позволит выявить уникальные генетические особенности, которые могут либо помочь в немедленном лечении, либо помочь подобрать пациентов для участия в клинических испытаниях, говорят ученые из Кембриджского университета. Их исследование опубликовано в Ланцет онкология.

В 2022 году во всем мире у 2,3 миллиона женщин был диагностирован рак молочной железы, и произошло 670 000 связанных с ним смертей. Несмотря на значительный прогресс, достигнутый в последние годы, по-прежнему сложно точно определить лучшие методы лечения для отдельных пациентов и предсказать случаи с худшим прогнозом.

Полногеномное секвенирование — это мощный метод, который включает в себя анализ ДНК как пациента, так и его опухоли для поиска генетические измененияили мутации. Это дает информацию об основной причине опухоли и о том, что ее движет. Оно также может предоставить ценную информацию для выбора лечения, например, путем выявления уязвимых мест в структуре опухоли или выявления признаков того, что пациент может быть устойчив к определенному лечению.

Хотя эта технология быстро дешевеет (Ultima Genomics недавно объявила, что она может секвенировать геном человека за 100 долларов США), она не получила широкого распространения в Национальной службе здравоохранения Великобритании (NHS). Предлагаемый через Службу геномной медицины Национальной службы здравоохранения, он в настоящее время доступен для лечения некоторых видов рака у взрослых, редких видов рака, детского рака и некоторых метастатических видов рака.

Профессор Серена Ник-Зайнал из кафедры геномной медицины и Института раннего рака Кембриджского университета сказала: «Становится все более возможным использовать полногеномное секвенирование для информирования о лечении рака, но, возможно, оно не используется в полной мере, и уж точно не для некоторых из наиболее распространенных типов рака.

«Отчасти причина в том, что нам не хватает клинические исследования чтобы поддержать его использование, но отчасти это происходит именно потому, что информация настолько богата — в некотором смысле, информация может быть слишком подавляющей, чтобы ее можно было понять».

Чтобы помочь решить эти проблемы, профессор Ник-Зайнал и его коллеги использовали данные почти 2500 женщин со всей Англии, хранящиеся в Национальной библиотеке геномных исследований — одном из крупнейших и наиболее ценных в мире информационных ресурсов такого рода, которым управляет компания Genomics England. Данные о 2500 женщинах были получены в результате их участия в проекте «100 000 геномов» и были связаны с клиническими записями и/или записями смертности, отслеживая результаты в течение пяти лет.

Исследователи искали генетические изменения, которые вызывают или влияют на рак молочной железы, включая проблемы с восстановлением ДНК клетками.

Команда обнаружила, что 27% случаев рака молочной железы имели генетические особенности, которые могли бы помочь немедленно назначить персонализированное лечение либо с использованием существующих лекарств, либо с привлечением участников для проспективных или текущих клинических испытаний. Это соответствует более чем 15 000 женщин в год в Великобритании.

Среди выявленных особенностей были: HRD (дефицит репарации, направленной на гомологию), проблема репарации ДНК, обнаруживаемая в 12% всех случаев рака молочной железы; уникальные мутации, на которые можно воздействовать с помощью конкретных лекарств; признаки сопротивления гормональная терапия; и мутационные закономерности, указывающие на слабые места рака, которые могут использовать методы лечения.

Команда выявила еще 15% случаев, которые имели особенности, которые могут быть полезны для будущих исследований, например, проблемы с другими путями восстановления ДНК. Это соответствует более чем 8300 женщинам в год.

Анализ также дал представление о прогнозе. Например, при наиболее распространенном подтипе рака молочной железы, известном как рак молочной железы ER+HER2-, на который приходится примерно 70% диагнозов, существовали четкие генетические индикаторы того, насколько агрессивным может быть рак. Например, серьезные структурные изменения ДНК были связаны с гораздо более высоким риском смерти, равно как и мутационные сигнатуры APOBEC (тип структуры повреждения ДНК) и мутации в гене рака TP53. Эти генетические маркеры были более прогностическими, чем традиционные показатели, такие как возраст пациента, стадия рака или степень опухоли.

Используя результаты, исследователи создали систему, которая поможет врачам определить, какие пациенты нуждаются в более агрессивном лечении, а какие могут безопасно пройти меньше лечения. Также предполагается, что около 7500 женщин в год с опухолями низкой степени злокачественности могут получить пользу от более агрессивного лечения.

Профессор Ник-Зайнал сказал: «Великобритания является подлинным мировым лидером с точки зрения способности проводить полногеномное секвенирование в Национальной системе здравоохранения через Службу геномной медицины. Теперь, когда у нас есть данные на уровне населения о том, насколько эффективным может быть полногеномное секвенирование, у нас есть потенциал, чтобы каждый год менять жизни тысяч пациентов, помогая более точно адаптировать их лечение, предоставляя больше уход тем, кто в этом нуждается, и в меньшей степени тем, кому это не нужно».

Помимо того, что они используются для адаптации лечения к индивидуальным пациентам, полное секвенирование генома Данные могут помочь изменить подходы к набору персонала и проведению клинических исследований, ускоряя разработку столь необходимых новых методов лечения.

Профессор Ник-Зайнал добавил: «На данный момент мы проверяем пациентов лишь на небольшое количество генетических мутаций и можем пригласить их присоединиться к клиническому исследованию, если у пациента есть мутация, соответствующая цели исследования. Но если вместо этого у нас будут все их генетические данные, мы больше не будем ограничиваться отдельными исследованиями с конкретной целью. клинические испытания более эффективными, что в конечном итоге позволяет гораздо быстрее предоставить правильное лечение нужным пациентам».