Отказ от ответственности: статьи раннего выпуска не считаются окончательными версиями. Любые изменения будут отражены в онлайн-версии в месяц официального выпуска статьи.
Аффилиация автора: Справочная лаборатория Национальной и Всемирной организации по здоровью животных СальмонеллаЭкспериментальный зоопрофилактический институт Венеции, Леньяро, Италия
Появление вариантов, представляющих угрозу здоровью человека и животноводству, характеризует эпидемиологию Сальмонелла (1) и его вариант С. энтерика серовар Инфантис (антигенная формула 6,7:r:1,5). За последние несколько десятилетий этот серовар быстро распространился по цепочке птицеводства; по состоянию на 2024 год это наиболее распространенный серовар, выделенный от цыплят-бройлеров в Европейском Союзе, и среди 4 наиболее распространенных сероваров у человека (2,3). Европейская комиссия определила Сальмонелла Инфантис как целевой серовар, в отношении которого необходимо применять меры борьбы, если он выделен в племенных стадах Петух есть петух куры (4). Некоторые из обязательных мер контроля, применяемых в Италии, представляют собой соответствующие меры здравоохранения, применяемые на фермах; уничтожение или уничтожение Сальмонелла-положительные птицы и обращение с их тушами в соответствии с постановлением ЕС №. 1069/2009; и утилизация яиц, произведенных Сальмонелла Инфантис-положительные группы и дополнительные процедуры очистки и дезинфекции среды и помещений стада. Строгие и целенаправленные меры контроля, применяемые в случае выявления Сальмонелла Инфантис-положительные стада (5) требуют стандартизированных аналитических методов (т. е. ISO 6579:1 для выделения Сальмонелла и методы, основанные на схеме Кауфмана-Уайта для серотипирования или валидированных альтернативных методах) для обеспечения высокого качества надзора, быстрого выявления положительных образцов и быстрого осуществления мер по ликвидации.
Изоляты с неполной антигенной формулой, содержащие жгутиковые антигены, типичные для Сальмонелла Инфантис (r:1,5), но не имеющий соматических (6,7), все чаще изолируется от источников домашней птицы в Италии. Лаборатории, отвечающие за Сальмонелла контроль и надзор, необходимые для быстрой идентификации и характеристики этих изолятов, чтобы установить, были ли эти атипичные варианты Сальмонелла штаммы Infantis и, следовательно, изолируют их на фермах для разведения. Г. галлус птица. В наше исследование также были включены штаммы с такими атипичными характеристиками, выделенные из пищевых матриц, чтобы оценить их распространение по цепочке птицеводства.
Всего мы протестировали 31 Сальмонелла штаммы, которые можно отнести к Сальмонелла Infantis, но у него отсутствовала экспрессия полной антигенной формулы от животных (N = 20) и пищи (N = 11). Эти штаммы были выделены в течение 2014–2022 гг. из проб, взятых в разных регионах Италии (таблица). Мы включили 1 дикого типа Сальмонелла Штамм Infantis, выделенный из пищевых продуктов в качестве эталона. Мы серотипировали все Сальмонелла изолируют методом агглютинации на предметных стеклах с Сальмонелла образцы антисыворотки (Statens Serum Institut, Копенгаген, Дания); мы присвоили антигенные формулы в соответствии с ISO 6579:3. Если традиционное серотипирование не могло дать убедительных результатов из-за того, что полная антигенная формула не была выражена, мы проводили молекулярное серотипирование с использованием xMAP. Сальмонелла серотипирование (6). В частности, положительное совпадение соматического антигена с зондом С1 (звонки ген) ожидается в случае дикого типа Сальмонелла Инфантис изолирует. Морфологию колоний исследовали на агаризованной триптозной твердой среде. Мы оценивали чувствительность к противомикробным препаратам по МПК, используя метод микроразведения в бульоне с панелью Sensititer EUVSEC (диагностическая система TREK; ThermoFisher), и интерпретировали результаты в соответствии с эпидемиологическими пороговыми значениями Европейского комитета по тестированию чувствительности к антибиотикам (EUCAST). Мы выбрали США ген (SIN_02055) в качестве гена-маркера, специфичного для Сальмонелла Инфантис; мы использовали ПЦР, нацеленную на этот ген, описанную Yang et al. (7) в качестве идентификационного маркера для проверки принадлежности штаммов к Сальмонелла Серовар Инфантис. Наконец, мы провели полногеномное секвенирование, как описано Petrin et al. (8) и использовал подход схемы типирования многолокусных последовательностей основного генома (cgMLST) (9) для оценки генетического родства исследуемых штаммов и с диким типом Сальмонелла Штамм Инфантис. Мы также провели серотипирование in silico, как описано Costa et al. (9).
Рисунок 1
Рисунок 1. Сравнение морфологии колоний. Сальмонелла энтерика Изоляты серовара Infantis, собранные в Италии, 2014–2022 гг. Изоляты выращивали на агаризованной триптозной твердой среде в течение 24 часов. А) Грубые колонии из…
Из 32 штаммов 31 не агглютинировал с образцами соматической сыворотки по 6,7 антигенам, что свидетельствует о том, что их антигенная формула -:r:1,5 (таблица). Молекулярное серотипирование выявило совпадение с соматическим зондом С1 у 9 штаммов. Из них 3 были выделены из пищевых продуктов и 6 – из животных источников. Для остальных 22 штаммов выявление соматическим зондом С1 было отрицательным. Обнаружение типичных Сальмонелла Жгутиковые антигены Infantis были положительными для всех тестируемых штаммов. Серотипирование in silico не дало убедительных результатов в отношении области, кодирующей О-антиген, для 27 изолятов; эти результаты подтверждают необходимость дальнейшего анализа. Двадцать шесть штаммов имели грубую морфологию колоний (рис. 1), что во многих случаях способствует повышенной чувствительности к иммунной защите, даже если остается неясным, являются ли эти штаммы патогенными (рис. 1).10). Большинство отобранных штаммов имели сходный характер устойчивости к нескольким противомикробным препаратам (ампициллин, ципрофлоксацин, азитромицин, налидиксовая кислота, тетрациклин, триметоприм и сульфаметоксазол) (таблица в приложении), типичный для циркулирующих штаммов дикого типа. Сальмонелла Штаммы Infantis распространяются в популяциях бройлеров (1).
фигура 2
Рисунок 2. Минимальные остовные деревья на основе MLST-анализа основного генома Сальмонелла энтерика Штаммы серовара Infantis, собранные в Италии в 2014–2022 гг., включая атипичные изоляты (С. -:r:1,5). А)…
Все 31 изолят, несущий неполную антигенную формулу, а также изолят с полной антигенной формулой имели США ген присутствует в их геномах; наличие этого гена можно считать перспективным инструментом для быстрой диагностики атипичных штаммов с неполной экспрессией соматических антигенов. Исследования, проведенные cgMLST для установления генетического родства между изолятами, не позволили нам идентифицировать различные Сальмонелла Популяции Infantis на основе их антигенной формулы с учетом как традиционного серотипирования (рис. 2, панель A), так и молекулярного серотипирования (рис. 2, панель B).
Наши результаты описывают гетерогенные Сальмонелла Штаммы Infantis широко распространены в пищевой цепочке птицеводства Италии. Эта гетерогенность, по-видимому, связана с генетическим контекстом, кодирующим антиген, который, вероятно, также повлияет на морфологию колонии.11). Хорошо известно, что приблизительная морфология Сальмонелла изоляты происходят в результате делеции или усечения генов, кодирующих липополисахарид О-антиген (12). Однако в нашем исследовании нам не удалось связать грубый фенотип, выявленный у атипичных штаммов, с отсутствием звонки гена, ни к матрице выделения и источнику. Дальнейший анализ на геномном уровне прояснит картину делеции/усечения и идентифицирует вовлеченные гены; генетическая область, кодирующая О-антиген, состоит из множества различных генов (13,14).
Мы обнаружили, что атипичные штаммы, у которых отсутствует экспрессия полной антигенной формулы, генетически неотличимы от дикого типа. Сальмонелла Инфантис. Мы также обнаружили четкие указания на профиль устойчивости к противомикробным препаратам, общий для всех исследованных атипичных изолятов, который обеспечивал устойчивость к множеству противомикробных соединений, обычно описываемых для циркулирующих клонов дикого типа. Сальмонелла Детский (1,15). Это сходство приводит к вероятной близости этих изолятов соматического варианта к дикому типу. Сальмонелла Изоляты Infantis, демонстрирующие полную антигенную формулу. Тесные отношения между Сальмонелла Инфантис и варианты изолятов с неполной антигенной формулой и причины отсутствия экспрессии О-антигена требуют дальнейшего изучения. Идентификация атипичных штаммов создаст диагностическую проблему, поскольку они не будут распознаны как Сальмонелла Infantis с помощью традиционного серотипирования, которое остается наиболее распространенным методом, используемым лабораториями, ответственными за Сальмонелла наблюдение. Эта трудность в выявлении таких атипичных штаммов может поставить под угрозу быстрое распознавание инфицированных стад домашней птицы и затруднить своевременное осуществление целевых мер контроля, требуемых законодательством, что будет иметь серьезные последствия для общественного здравоохранения.
Доктор Петрин — биотехнолог отдела микробиологии Национальной справочной лаборатории WOAH. Сальмонелла в Италии. Ее основные научные интересы — молекулярная эпидемиология и устойчивость микроорганизмов к противомикробным препаратам. Сальмонелла.
Вершина
Мы благодарим Экспериментальные зоопрофилактические институты, Экспериментальный зоопрофилактический институт Ломбардии и Эмилии-Романьи, Экспериментальный зоопрофилактический институт Абруццо и Молизе, Экспериментальный зоопрофилактический институт Апулии и Базиликаты, Экспериментальный зоопрофилактический институт Лацио и Тосканы и Экспериментальный зоопрофилактический институт Умбрии и Марке, которые способствовал Сальмонелла штаммы для данного исследования.
Данные необработанных последовательностей были отправлены в Европейский архив нуклеотидов (под номером доступа PRJEB72047.
Работа выполнена при поддержке Министерства здравоохранения Италии (грант № RC IZS VE 02/23 Этиопатогенез и эпидемиология новых патогенов в цепочке поставок птицы: устойчивость и адаптация новых клонов Сальмонелла Инфантис и новые стратегии биоконтроля).
2024-03-18 17:30:36
1710785620
#Ранний #выпуск #Редкие #варианты #Salmonella #Infantis #неполной #антигенной #формулой #пищевой #цепочке #птицы #Италия #Том #номер #апрель #Журнал #Emerging #Infectious #Sciences
