Дизайн исследования
Сеть VISION была описана ранее.15 Мы применили тест-отрицательный дизайн для оценки эффективности мРНК-вакцин с использованием ретроспективно собранных данных. Мы сосредоточились на мРНК-вакцинах, поскольку они составляют более 95% вакцин против коронавируса, вводимых в США.16 Были проведены отдельные анализы пациентов, которые были госпитализированы (больничная выборка), и пациентов, которым была оказана помощь в отделении неотложной помощи или клинике неотложной помощи (отделение неотложной помощи или выборка неотложной помощи).
Исследуемая популяция и условия
Исследуемая популяция включала взрослых (≥18 лет), которые получали помощь в связи с COVID-подобным заболеванием в больнице сети VISION, отделении неотложной помощи или центре неотложной помощи и прошли молекулярное тестирование на SARS-CoV-2 не менее чем через 14 дней после того, как вакцины стали доступны на местном уровне. их возрастная группа (с 17 января по 3 мая 2021 г.). Последний контакт, включенный в этот период исследования, произошел 12 июля 2022 года. Мы исключили лиц, получивших какую-либо вакцину, кроме вакцины BNT162b2 или мРНК-1273, лиц, получивших более четырех доз мРНК-вакцины до индексного медицинского контакта, лиц, которые получившие только одну дозу мРНК-вакцины менее чем за 14 дней до индексного контакта или получившие третью или четвертую дозу менее чем за семь дней до индексного контакта; лица, о которых известно, что у них положительный результат лабораторного анализа на инфекцию SARS-CoV-2. более чем за 14 дней до контакта с индексом, а также лица с положительным результатом теста на SARS-CoV-2, но без диагнозов или симптомов, указывающих на заболевание covid-19.
Статус вакцинации
Статус вакцинации классифицировали по количеству полученных доз и количеству месяцев между самой последней дозой вакцины и индексной датой контакта (называемой временем после вакцинации). Пациенты считались частично вакцинированными, если они получили только одну дозу не менее чем за 14 дней до индексной даты контакта или получили вторую дозу менее чем за 14 дней до этого. Пациенты, у которых не было записей о вакцинации до даты индексного контакта, считались невакцинированными. Пациентами с тремя дозами были те, кто получил третью дозу в рамках первичной серии вакцинации (например, среди лиц с ослабленным иммунитетом) или ревакцинирующую дозу после первичной серии из двух доз. В соответствии с рекомендациями по приему четвертой дозы мы исследовали эффективность четырех доз среди взрослых в возрасте 50 лет и старше и среди взрослых с ослабленным иммунитетом любого возраста. Статус вакцинации был установлен из реестров иммунизации, электронных медицинских карт и страховых требований.
Результаты
Первичным результатом был положительный или отрицательный молекулярный результат теста на SARS-CoV-2, проведенный в течение 14 дней до медицинского контакта и менее чем через 72 часа после него среди пациентов с COVID-подобным заболеванием, как указано в МКБ-9 и МКБ-9. 10 (международная классификация болезней, девятый и десятый пересмотр соответственно) диагностические коды (дополнительные методы; дополнительная таблица S1). Индексной датой для каждого контакта была более ранняя из дат контакта или даты ближайшего молекулярного анализа SARS-CoV-2. Человек может быть включен в качестве случая один раз в выборку отделения неотложной помощи или неотложной помощи и один раз в выборку больницы. Отдельные лица могут быть включены в качестве контроля несколько раз.
статистический анализ
Мы использовали схему «случай-контроль» с отрицательным тестом, в которой случаи были пациентами с COVID-подобным заболеванием с лабораторно подтвержденным COVID-19, а контрольной группой были пациенты с COVID-подобным заболеванием и отрицательными результатами теста на SARS-CoV-2 (у контрольной группы мог быть положительный результат теста). результаты для других респираторных вирусов, таких как грипп). Мы сравнили случаи с контролем в выборке больницы и отдельно сравнили случаи с контролем в выборке неотложной или неотложной помощи. Случаи не были индивидуально сопоставлены с контролем.
Условная логистическая регрессия использовалась для изучения статуса случай-контроль по отношению к статусу вакцинации, классифицируемому как вакцинированные четырьмя, тремя или двумя дозами или частично вакцинированные; в качестве контрольной группы использовали невакцинированных лиц. Чтобы изучить снижение эффективности вакцины, мы классифицировали людей, которые были вакцинированы, с использованием конкретных показателей времени, определяемых двухмесячными интервалами времени после вакцинации; в качестве контрольной группы использовали невакцинированных лиц. Мы возвели в степень коэффициент регрессии каждого индикатора статуса вакцинации, чтобы получить отношение шансов, вычли отношение шансов из 1, чтобы оценить эффективность вакцины, и умножили на 100, чтобы масштабировать эффективность вакцины в процентах. В нескольких анализах разреженный двухмесячный интервал, для которого оценка эффективности вакцины имела доверительный интервал более 50 процентных пунктов, был объединен с предыдущим двухмесячным интервалом, чтобы обеспечить более точную оценку эффективности вакцины (см. Дополнительные методы). Оценки эффективности вакцины (и доверительные интервалы) были масштабированы в диапазоне от –100% до 100%.17
Модели логистической регрессии были обусловлены календарной неделей и географическим районом, поэтому мы сравнивали случаи с контрольными, протестированными в течение той же недели в том же регионе (дополнительная таблица S2). Ковариации, включенные в модели, были определены с помощью двумерного анализа как статистически значимо связанные как с исходом, так и со статусом вакцинации, а также те, которые были определены априори как установленные вмешивающиеся факторы, включая возраст, расу, этническую принадлежность, наличие респираторных и нереспираторных сопутствующих заболеваний. иммунодефицитным состоянием и местной вирусной циркуляцией. Кубические сплайны использовались для возраста, семидневной средней положительности теста на SARS-CoV-2 в области контакта и склонности к вакцинации; другие были индикаторными переменными. Показатели предрасположенности (дополнительные методы) предсказывали вакцинацию (любая против отсутствия) на основе демографических данных, сопутствующих заболеваний (дополнительная таблица S3) и характеристик учреждения (дополнительная таблица S4) и были получены независимо для каждого периода доминирования вариантов (дополнительная таблица S5). . Пациентов с ослабленным иммунитетом идентифицировали по диагностическим кодам МКБ-9 и МКБ-10 (дополнительные методы).18 Мы провели отдельные анализы для трех периодов в зависимости от того, когда вариант составлял 50% или более секвенированных изолятов в каждом сайте: до того, как преобладала дельта, когда преобладала дельта и когда преобладал омикрон (дополнительная таблица S6). Мы оценили величину ослабления как разницу в эффективности вакцины между недавно вакцинированными пациентами (определяемыми как менее двух месяцев) и пациентами, прошедшими определенное время после вакцинации (например, через четыре-пять месяцев после введения дозы 3), и мы исследовали ослабление по возрасту (18–44 года, 45–64 года, ≥65 лет), продукту вакцины и статусу иммунодефицита. Бутстрэппинг использовался для оценки 95% доверительного интервала вокруг разницы между эффективностью вакцины менее чем через два месяца и эффективностью вакцины через четыре-пять месяцев.
Мы провели несколько анализов чувствительности. Во-первых, мы добавили в исследуемую популяцию пациентов с известной предшествующей инфекцией, чтобы оценить чувствительность результатов к включению или исключению ранее инфицированных пациентов. Во-вторых, мы хотели провести различие между пациентами, которые были госпитализированы, и пациентами, у которых был госпитализирован в отделение неотложной помощи или в отделение неотложной помощи. Поэтому мы исследовали эффективность вакцины в выборке отделения неотложной помощи или неотложной помощи и исключили пациентов, госпитализированных в течение 30 дней. В-третьих, мы исследовали воздействие отрицательного контроля.19 путем изучения эффективности вакцины у пациентов, получивших первую дозу менее чем за 14 дней до индексной даты контакта. Не ожидалось, что эти пациенты будут иметь существенную защиту, индуцированную вакциной, и оценка эффективности вакцины, значительно превышающая ноль, будет свидетельством остаточного искажения.20
Анализы проводились с помощью SAS версии 9.4 и R версии 4.1.2. Все доверительные интервалы представляют собой 95% интервалы. Доверительные интервалы, за исключением нулевого значения, считались статистически значимыми.
Участие пациентов и общественности
Участники исследования внесли важный вклад в это исследование, предоставив исходные данные, на которых основано исследование. Однако вовлечь их в разработку, проведение, отчетность или распространение этого исследования было невозможно, поскольку исследование проводилось в соответствии со структурой реагирования CDC на инциденты с COVID-19 и ограничивалось только анализом ретроспективно собранных электронных данных без каких-либо взаимодействие с пациентом.
