Гипоксия опухоли относится к постепенному снижению продукции АТФ, когда уровни кислорода падают ниже критического порога, что способствует развитию злокачественных опухолей. Исследования показывают, что изменения, вызванные гипоксией, играют незаменимую роль в прогрессировании опухоли, что позволяет опухолям стать инвазивными или метастатическими. Однако эффекты гипоксии варьируются в зависимости от типов опухолей, и эти механистические различия остаются неясными.
Чтобы решить эту проблему, мы разработали их (онлайн-инструмент, который позволяет анализировать гипоксию, связанные с транскриптомными данными, не требуя навыков программирования. Это содержит 63 препроцессоцированных наборов данных из GEO, охватывающих 18 типов рака, с пятью модулями анализа: дифференциальное выражение, профилирование экспрессии, корреляция, обогащение и анализ чувствительности к лекарствам.
Модуль дифференциальной экспрессии использует LIMMA для сравнения экспрессии генов между гипоксией и группами нормоксии, представляя результаты через графики вулкана, тепловые карты и таблицы. Модуль профилирования экспрессии представляет значения экспрессии генов в различных состояниях кислорода и использует U-тесты Манна-Уитни для изучения различий в экспрессии отдельных/множественных генов. Корреляционный модуль исследует корреляцию между экспрессией различных генов, экспрессией генов и относительной активностью экспрессии путей или относительной экспрессионной активностью различных путей через графики рассеяния, тепловые карты и аккорды. Модуль обогащения идентифицирует пути, связанные с гипоксией, в то время как модуль чувствительности к лекарственным средствам анализирует дифференциальные реакции лекарственного средства в различных условиях кислорода.
Экспериментальная проверка подтвердила надежность. Используя модуль чувствительности к лекарственным средствам, мы наблюдали гипоксические клетки MCF7, показали значительно более высокие значения IC50 для 51 химиотерапевтического препарата, что указывает на снижение чувствительности к лекарственным средствам. Дальнейший анализ с клеточными линиями рака легких выявил индуцированную гипоксией устойчивость к общей химиотерапевтическим препаратам. Экспериментальные тесты с тремя клеточными линиями рака легких и пятью препаратами подтвердили эти результаты, демонстрируя широкое влияние гипоксии на эффективность лекарственного средства по типам опухолей.
«Эти результаты подчеркивают надежность как для исследований, так и для клинических применений», – отметил авторы. Способность инструмента раскрыть переменные эффекты гипоксии по раковым заболеваниям дает важную информацию для разработки целевой терапии. Включая систематический анализ роли гипоксии в прогрессировании опухоли и лекарственной устойчивости, они предлагают ценное руководство по диагностике опухоли и разработке стратегии лечения.
/Публичный релиз. Этот материал из исходной организации/автора (-ов) может иметь природу с точки зрения времени и отредактирован для ясности, стиля и длины. Mirage.news не занимает институциональные должности или боковые стороны, а все взгляды, позиции и выводы, выраженные в настоящем документе, являются исключительно от автора (-ов). Просмотрите полностью здесь.
2025-07-30 21:08:00
1753910331
#Ther #новый #веб #инструмент #для #исследований #гипоксии #опухоли
По теме
