Вандерейкен К., Сифрим А., Тьенпонт Б. и Воэт Т. Методы и приложения для одноклеточной и пространственной мультиомики. Нат. Преподобный Жене. 24494–515 (2023).
Чен Х., Ли Д. и Бар-Джозеф З. SCS: сегментация клеток для пространственной транскриптомики высокого разрешения. Нат. Методы 201237–1243 (2023).
Фанг, С. и др. Вычислительные подходы и проблемы пространственной транскриптомики. К. Протеом. Биоинформ. 2124–47 (2023).
Фу, X. и др. BIDCell: биологически информированное самоконтролируемое обучение для сегментации субклеточных пространственных транскриптомных данных. Нат. Общий. 15509 (2024).
Шу Дж., Фу Х., Цю Г., Кэй П. и Ильяс М. Сегментация перекрывающихся ядер клеток на цифровых гистопатологических изображениях. Год. Межд. Конф. IEEE англ. Мед. Биол. Соц. 2013 год5445–5448 (2013).
Палокангас С., Селинумми Дж. и Юли-Харья О. Сегментация складок на изображениях срезов тканей. Год. Межд. Конф. IEEE англ. Мед. Биол. Соц. 2007 год5642–5645 (2007).
Таки С.А., Сами С.А., Сами Л.Б. и Заки С.А. Обзор артефактов в гистопатологии. Дж. Оральный челюстно-лицевой фактор. Патол. 22279 (2018).
Мозес Л. и Пахтер Л. Музей пространственной транскриптомики. Нат. Методы 19534–546 (2022).
Яо, З. и др. Транскриптомный и пространственный атлас типов клеток всего мозга мыши в высоком разрешении. Природа 624317–332 (2023).
Аллен, Нью-Джерси и Лайонс, Д.А. Глиа как архитекторы формирования и функционирования центральной нервной системы. Наука 362181–185 (2018).
Мегиас М., Эмри З., Фрейнд Т.Ф. и Гуляс А.И. Общее количество и распределение тормозных и возбуждающих синапсов на пирамидальных клетках CA1 гиппокампа. Нейронаука 102527–540 (2001).
Парк Дж. и др. Определение типов клеток без сегментации клеток на основе данных транскриптомики in situ. Нат. Общий. 123545 (2021).
Мюллер-Беттичер Н., Тисмейер С., Эйлс Р. и Ишак Н. Сайнск: вычислительный инструмент для анализа без сегментации данных, полученных на месте. Маленькие методы 92401123 (2025).
Петухов В. и др. Сегментация клеток в пространственной транскриптомике на основе визуализации. Нат. Биотехнология. 40345–354 (2022).
Джонс, округ Колумбия и др. Моделирование клеток как сегментация клеток. Нат. Методы 221331–1342 (2025).
Волок, С.Л., Лопес, Р. и Кляйн, А.М. Скрублет: вычислительная идентификация дублетов клеток в транскриптомных данных одной клетки. Сотовая система. 8281–291 (2019).
Марко Салас, С. и др. Оптимизация полезности данных Xenium in situ за счет оценки качества и рабочих процессов анализа передовых практик. Нат. Методы 22813–823 (2025).
Митчел Дж., Гао Т., Петухов В., Коул Э. и Харченко П.В. Влияние и коррекция ошибок сегментации в пространственной транскриптомике. Нат. Жене. https://doi.org/10.1038/s41588-025-02497-4 (2026).
Свежезамороженные реплики мозга мыши, набор данных об экспрессии генов in situ, проанализированный с использованием встроенного анализа Xenium 1.0.2 (10x Геномика, 2023 г.).
Покраяц Н.Т., Токарев Н.Дж.А., Гурдита А., Ортин-Мартинес А. и Уоллес В.А. Менингеальные макрофаги ингибируют передачу сигналов хемокинов в предопухолевых клетках, подавляя инициацию медуллобластомы у мышей. Дев. Клетка 582015–2031 (2023).
Ремсик Дж. и др. Характеристика, выделение и культура лептоменингеальных фибробластов in vitro. Дж. Нейроиммунол. 361577727 (2021).
Тиклова К. и др. Транскриптомика отдельных клеток идентифицирует состав трансплантата, полученного из стволовых клеток, на модели болезни Паркинсона. Нат. Общий. 112434 (2020).
Пиетиля Р. и др. Молекулярная анатомия лептоменингов взрослых мышей. Нейрон 1113745–3764.e7 (2023).
Хоу, JR и др. Контроль врожденной обонятельной валентности с помощью отдельных кортикальных цепей миндалевидного тела. Препринт на bioRxiv https://doi.org/10.1101/2024.06.26.600895 (2024).
Ма, СК и др. Bento: набор инструментов для субклеточного анализа данных пространственной транскриптомики. Геном Биол. 2582 (2024).
Выпуск данных Визгена V1.0 (Визген, 2021).
Инструмент постобработки Vizgen (Визген, 2025 г.).
Целый мышиный детеныш (FFPE) с 5 шт. K Панель панорамирования тканей и путей мыши и надстройка Snap25a/Snap25b, набор данных по экспрессии генов in situ, проанализированный с использованием встроенного анализа Xenium 3.0.0 (10x Геномика, 2024 г.).
Моффитт, Дж.Р. и др. Молекулярное, пространственное и функциональное одноклеточное профилирование преоптической области гипоталамуса. Наука 362eaau5324 (2018).
Моффитт, Дж.Р. и др. Данные: молекулярного, пространственного и функционального одноклеточного профилирования преоптической области гипоталамуса. Дриада https://doi.org/10.5061/dryad.8t8s248 (2018).
Парк Дж. и др. Дополнительные данные для: определения типов клеток без сегментации на основе данных транскриптомики in situ. Зенодо https://doi.org/10.5281/zenodo.3478502 (2019).
Тисмейер С. и Мюллер-Беттичер Н. Данные для воссоздания «2D или не 2D?» Исследование целостности вертикального сигнала срезов тканей». Зенодо https://doi.org/10.5281/zenodo.16736589 (2025).
2026-02-10 00:00:00
1771114903
#Выявление #перекрытий #3Dсигналов #данных #пространственной #транскриптомики #помощью #ovrlpy
Продолжение темы
