Предсказание возраста по плазме крови человека с использованием данных протеомной и малой РНК: сравнительный анализ

В журнале опубликована новая исследовательская работа под названием «Прогнозирование возраста по плазме крови человека с использованием данных протеомики и малой РНК: сравнительный анализ». Старение.

Часы старения, построенные на основе комплексных молекулярных данных, стали многообещающими инструментами в медицине, криминалистике и экологических исследованиях. Тем не менее, в нескольких исследованиях сравнивалась пригодность различных типов молекулярных данных для прогнозирования возраста в одной и той же когорте и могло ли их объединение улучшить прогнозы. В этом новом исследовании исследователи Жером Салиньон, Омид Р. Фаридани, Тассо Милиотис, Жорж Э. Янссенс, Пинг Чен, Бадер Заруки, Рикард Сандберг, Пиа Дэвидссон и Кристиан Г. Ридель из Каролинского института Университета Нового Южного Уэльса, Гарван Институт медицинских исследований и AstraZeneca исследовали это на уровне белков и малых РНК в 103 образцах плазмы крови человека.

«Здесь мы расширяем ограниченный набор сравнений между часами старения, построенными на основе различных типов молекулярных данных одной и той же когорты», — пишет исследовательская группа.

Во-первых, исследователи использовали двухэтапный подход масс-спектрометрии, измеряя 612 белков, чтобы выбрать и количественно определить 21 белок, количество которых изменилось с возрастом. Примечательно, что белки, увеличивающиеся с возрастом, были обогащены компонентами системы комплемента. Затем они использовали секвенирование малых РНК, чтобы выбрать и количественно определить набор из 315 малых РНК, количество которых менялось с возрастом. Большинство из них представляли собой микроРНК (миРНК), уровень экспрессии которых с возрастом снижается, и предполагается, что они нацелены на гены, связанные с ростом, раки старение. Наконец, команда использовала собранные данные для построения моделей прогнозирования возраста.

Среди различных типов молекул наиболее точную модель представляют белки (R² = 0,59 ± 0,02), за которыми следуют микроРНК как наиболее эффективный класс малых РНК (R² = 0,54 ± 0,02). Интересно, что использование белок и данные микроРНК вместе улучшили прогнозы (R² = 0,70 ± 0,01). Для подтверждения этих результатов потребуется дальнейшая работа с использованием выборок большего размера и набора данных для проверки.

Исследователи резюмируют: «Тем не менее, наше исследование предполагает, что объединение протеомных данных и данных микроРНК дает превосходные прогнозы возраста, возможно, за счет охвата более широкого спектра возрастных физиологических изменений. Будет интересно определить, работает ли объединение различных типов молекулярных данных в целом. стратегия по улучшению будущих стареющих часов».