Эта работа требует решения для расчета -интенсивной задачи машинного обучения, негативной факторизации матрицы (NMF). Ладмил Александров разработал подход к открытию подписей мутации и связанного с этим программного обеспечения (SigProfiler) в Институте Сангер и продолжает эту работу со своей командой в Калифорнийском университете в Сан -Диего (UCSD). NVIDIA и команды Mutographs UCSD и Института Сэнгера в настоящее время работают вместе, чтобы ускорить исследования с помощью графических процессоров.
«Исследовательские проекты, такие как Mutographs Grand Challenge, являются именно такими проблемами, чтобы отложить границы того, что можно достичь»,-сказал Пит Клэпхэм, глава группы поддержки компьютерных наук в Институте Wellcome Sanger. «Systems Nvidia DGX предлагает огромное ускорение, которое позволяет команде Mutographs не только удовлетворять требованиям к расчетам проекта, но и превышать и достичь недоступных результатов в прошлом».
Графические процессоры NVIDIA ускоряют научное применение, аутсорсинг самые время, требующие от времени кода. В то время как Институт Сэнгера экономит расходы и повышает производительность, выполняя вычислительную работу по графическим процессорам, остальная часть приложения все еще работает на процессоре. Общее применение быстрее для исследователей, потому что параллельная обработка графического процессора повышает производительность.
В текущем проекте исследователи изучают ДНК из опухолей 5000 пациентов с пятью типами рака: рак поджелудочной железы, рак почек, рак толстой кишки и два типа рака пищевода. Пять синтетических данных Matring, которые имитируют тип реальных профилей мутаций, использовались для оценки вычислительной мощности. Система NVIDIA DGX-1 выполняет алгоритм NMF с пятью матрицами, а соответствующие повторные задания ЦП выполняются в контейнерах докеров на виртуальных машинах (VMS) из OpenStack, в частности 60 ядер в процессорах ккилаке из Intel с 2,6 ГГц и 697,3 ГБ оперативной памяти.
NVIDIA DGX-1 является интегрированной системой для AI с восемью графическими процессорами NVIDIA V100, которые используют NVIDIA NVLINK, которые представляют собой мощную сеть графических процессоров от NVIDIA, в сетке с гибридной кубикой. Вместе с процессорами Intel Xeon Dual Socket и четырьмя сетевыми картами Nvidia Nvidia Mellanox® Infiniband, DGX-1 предлагает непревзойденные тренировочные характеристики с производительностью AI Flops Peta. Системное программное обеспечение DGX-1, мощных библиотек и сети NVLink предназначено для масштабирования глубокого обучения во всех восьми графических процессорах V100 Tensor Core и, таким образом, представляет гибкую платформу с максимальной производительностью для разработки и реализации приложений AI, как в производстве, так и в исследованиях.
#Секреты #мутационных #сигнатур #рака #растворами #ускорения #от #Nvidia #Nvidia #Insights
Ещё по этой теме
