WGS в два раза эффективнее целевого секвенирования генов при выявлении генетических нарушений у младенцев

Полногеномное секвенирование (WGS) почти в два раза эффективнее целевого теста секвенирования генов при выявлении предполагаемых генетических нарушений у новорожденных и детей грудного возраста.

В изучать недавно опубликованные в JAMA Network, исследователи из Медицинского центра Тафтса в Бостоне сравнили результаты геномного секвенирования с результатами целевых тестов неонатального секвенирования генов, поскольку было неясно, дает ли каждый из них сопоставимые результаты.

Исследование «Геномная медицина для больных новорожденных и младенцев» (GEMINI) представляло собой многоцентровое исследование, в котором приняли участие 400 госпитализированных младенцев в возрасте до года, у которых подозревалось генетическое заболевание. Младенцы в исследовании были проанализированы в 6 различных больницах США с июня 2019 года по ноябрь 2021 года.

Новорожденным был проведен WGS и тест на секвенирование таргетных генов NewbornDx. WGS может идентифицировать варианты во всех 20 000 генов в организме человека, а NewbornDx или целевое секвенирование генов может найти варианты в 1722 генах, о которых известно, что они связаны с генетическими нарушениями у новорожденных и младенцев.

Исследователи искали результаты молекулярной диагностики при подозрении на расстройство (участники с 1 или более патогенными вариантами или вариантами неизвестного значения), время получения результатов и изменения в уходе за пациентами.

Данные показали, что WGS выявил генетическое заболевание у 49% пациентов, в то время как целевые тесты секвенирования генов выявили генетическое заболевание у 27% пациентов. Геномное секвенирование пропустило 19 вариантов, обнаруженных с помощью целевого секвенирования, однако тесты целевого секвенирования также пропустили 164 диагноза, выявленных WGS. Из генетических нарушений 134 были обнаружены впервые.

В целом у 51% пациентов было диагностировано генетическое заболевание, обнаруженное с помощью любого теста.

Однако у WGS и исследования GEMINI есть ограничения.

Исследователи отметили, что для получения результатов WGS потребовалось 6 дней по сравнению с 4 днями целевого тестирования. WGS также является более дорогим тестом — от 1000 до 5000 долларов за панель, согласно Sequencing.com. Кроме того, он выявляет генетические нарушения только у младенцев и новорожденных и не выявляет никаких других заболеваний по мере взросления.

В отчете исследователей Tuft, рассматривающих исследование, говорится, что GEMINI вызывает беспокойство, поскольку в неонатальной генетической интерпретации отсутствует стандартизация. Например, в 40% случаев разные лаборатории расходились во мнениях относительно того, была ли причиной предполагаемого расстройства взаимно признанная генная аномалия.

Хотя в отчете, посвященном результатам исследования, соруководитель исследования и руководитель отдела медицины новорожденных в Тафте Джонатан Дэвис, доктор медицинских наук, сказал, что более половины исследованных детей имели генетическое заболевание, которое осталось бы незамеченным в большинстве больниц по всему миру. стране, если бы не технологии секвенирования генома.

«Успешная диагностика генетического расстройства у младенцев как можно раньше помогает гарантировать, что они получат наилучшую медицинскую помощь», — сказал Дэвис. «Это исследование показывает, что WGS, хотя и несовершенный, остается золотым стандартом для точной диагностики генетических нарушений у новорожденных и младенцев.